По истечении стольких лет, пожалуй подсумирую всё вышесказанное
Пару лет назад тоже метался в растерянности при необходимости найти достойное жильё за небольшие деньги во время командировки. Сейчас уже всё как-то более гладко обстоит - нахожу какой-нибудь сервис по онлайн бронированию номеров, ознакамливаюсь с ассортиметом, сравниваю цены, уровень сервиса, нахожу что-нибудь посередине и связываюсь непосредственно с отелем для осуществления брони. Всё ещё предпочитаю бронь делать "вживую", без посредства сайтов.
Дополнение: вот кое-что касательно отелей непосредственно в Питере:
http://allpiterhotels.ru/ru/